حضرات آیات عظام مکارم‎ شیرازی، نوری همدانی، شبیری زنجانی، سبحانی، صافی گلپایگانی، علوی گرگانی، صانعی، موسوی اردبیلی و آیت الله مقتدایی، رئیس دفتر مقام معظم رهبری و برخی از علما و اعضای محترم جامعه مدرسین طی تماس‌های تلفنی و ارسال نمایندگان ویژ‌ه‌ی خود، در گذشت مرحوم آقا مهدی ملکوتی را به محضر حضرت آیت الله العظمی حاج میرزا مسلم ملکوتی تسلیت گفتند.