اعضای بیت و خانواده حضرت آیت الله العظمی حاج میرزا مسلم ملکوتی رضوان الله تعالی علیه، با حضرت آیت الله العظمی خامنه ای رهبر معظم انقلاب اسلامی دیدار کردند. در این دیدار خصوصی و صمیمانه مقام معظم رهبری،به سابقه آشنایی خود با مرجع عالیقدر اشاره فرموده و بیان داشتند:ما از پیش از انقلاب ملکات آقای ملکوتی را درک کرده بودیم.ایشان حضرت آیت الله ملکوتی را فقیهی معرفی کردند که جامعیت ایشان در کنار فقاهتشان بروز و ظهور داشت. ایشان این مرجع فقید را شخصیتی عنوان فرمودند که هم در علوم معقول و هم در علوم منقول تبحر داشتند."معقولا و منقولا". مقام معظم رهبری فرمودند: آقای ملکوتی در حالیکه میتوانستند پس از انقلاب در قم بمانند و  اشتغالات علمی درسطح عالی داشته باشند به تبریز رفتند و مشغول مسایل امامت جمعه و نمایندگی امام در استان و مصلای امام شدند و اینها مسایلی است که  در دیوان  کرام الکاتبین ثبت است.  رهبر فرزانه انقلاب اسلامی به تشکیل شورای عالی ائمه جمعه کشور اشاره فرموده و اظهار داشتند : پس از تشکیل شورای عالی ائمه جمعه که متشکل بود از مرحوم آقای مشکینی، مرحوم آقای طاهری ،مرحوم آقای خاتمی،مرحوم آقای ملکوتی و اینجانب این ارتباط ما با آقای ملکوتی بیشتر شد و انصافا آنچیزی که در شخصیت و وجود ایشان بارز بود صفا، صمیمیت و مهربانی ایشان بود. رهبر معظم انقلاب اسلامی دامت برکاته در توصیف شخصیت علمی حضرت آیت الله العظمی ملکوتی بیان فرمودند: جایگاه علمی ایشان بسیار بالاتر از استاندارد حوزه علمیه بود. رهبرمعظم انقلاب اسلامی فرمودند:آیت الله ملکوتی با آبرو زندگی کردند و با آبرو هم وفات یافتند. ایشان خطاب به آیت الله حاج شیخ هادی ملکوتی فرمودند : الحمدالله خود شما هم از افراد شاخص هستید و انشالله این مسیر تداوم خواهد یافت. در ادامه این دیدار آیت الله هادی ملکوتی از ابراز همدردی ،پیام تسلیت و برگزاری مجلس ختم با شکوهی که از سوی رهبر فرزانه انقلاب در قم منعقد گردیده بود قدردانی و از بارگاه قدسی حضرت ربوبی دوام عزت و سلامت و طول عمر مقام معظم رهبری را مسالت نمود. فرزند مرحوم حضرت آیت الله العظمی ملکوتی اظهار داشت : ما عزت حضرتعالی را خواهانیم چراکه عزت شما عزت اسلام است. ایشان با  بیان حضور باشکوه مردم در مراسم تشییع در قم و مجالس منعقده در سایر شهرستانها بویژه تهران، تبریز و سراب که بطور کم سابقه ای برگزار شده بود در محضر رهبر معظم انقلاب از حضور پرشکوه مردم عزیز نیز قدردانی و سپاسگذاری نمودند.